박물관은 암스테르담 시내에 위치한 17세기 강가 주택에 위치하고 있으며, '우리 주님의 다락방 박물관'이라고 불린다. 1661년부터 1663년 사이에 이 3층 건물은 '비밀 교회'로 사용되었으며, 공개 예배를 갖지 못하는 가톨릭 신자들을 위해 비밀리에 예배를 지켰다. 이 박물관은 1888년 4월 28일에 개장하여 로마 가톨릭 박물관으로 지정되었으며, 매년 85,000명의 관광객을 유치하고 있다. 성 니콜라스 교회가 개방된 이후에는 비밀 교회가 폐쇄되었다.