スロバキアの通行料金を支払わずにブダペストからプラハへ戻る場合、スロバキアを通過することはできないのですか ?

通れますよ。このルートで行きましたが、誰にもチェックされませんでした。

チェックされると問題になるので、オーストリア経由でプラハに戻るか、料金を支払った方が良いです。