ザキントスから帰国して3週間経ちますが、レンタカーのデポジットがまだ返金されていません。これは普通ですか ?

どうやらクレジットカードの発行銀行によるようです。私の場合は広発銀行で、車を返却した後すぐにデポジットの返金手続きを行い、3～4営業日で口座に返金されました。銀行によっては1ヶ月ほどかかる場合もあります。

確認してみてください。おそらく引き落としはされていないはずです。